Au cœur du musée se trouve une crypte en l'honneur des unités dissoutes et de ceux qui sont tombés au combat. La crypte est un espace qui existe depuis la création de la salle d'honneur de l’École des troupes aéroportées (ETAP), autour de laquelle s'est développé le musée. Elle est un lieu de mémoire collective et permet aux visiteurs, civils et militaires, d'avoir une pensée pour tous ceux qui se sont sacrifiés.

La crypte est divisée en plusieurs espaces. A gauche et à droite, sont exposés les fanions des unités parachutistes dissoutes de la Seconde Guerre mondiale, de la Guerre d'Indochine, de la Guerre d'Algérie et du monde contemporain.

Au centre se trouve un marbre où est gravée une partie de la prière du para de l'Aspirant Zirnheld, encadré par cinq drapeaux de régiments parachutistes dissous (14e Régiment de chasseurs parachutistes - RCP, 3e RCP, 9e RCP, 18e RCP et 2e Régiment de Parachutistes coloniaux). Au dessus des drapeaux, deux reliques symboliques sont exposées : d'un côté, une boîte contenant de la terre de Dien Bien Phu, bataille de la fin de la guerre d'Indochine qui s'est déroulée de novembre 1953 au 7 mai 1954 où ont péri près de 2 300 hommes dans les rangs français ; et d'autre part, une pierre de l'immeuble Drakkar à Beyrouth où ont péri 58 parachutistes des 1er et 9e RCP lors d'un attentat le 23 octobre 1983.

Enfin, à l'entrée de la crypte se trouve le livre des morts où sont inscrits les noms de tous les parachutistes morts au combat depuis la création des premières unités parachutistes françaises durant la Seconde Guerre mondiale.

Livre des morts où sont inscrits tous les parachutistes morts pour la France